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各有关单位：
由我校与中山大学合作完成的成果：水稻产量和生殖发育相关非编码RNA的发掘与功能机制（我校主持人：王小菁）拟申报2017年度广东省科学技术奖励，现按要求进行公示，公示期为2017年5月24日至6月1日（含5个工作日）。
公示期间如有异议，请直接向科技处反映。
联系人：梁老师、许老师
地址：办公楼302
科技处
2017年5月24日
附：项目公示内容
项目名称 | 水稻产量和生殖发育相关非编码RNA的发掘与功能机制 | ||
主要完成单位 | 单位1中山大学 | ||
单位2华南师范大学 | |||
主要完成人 （职称、完成单位、工作单位） | 1. 陈月琴（教授、中山大学、中山大学、1.为本项目的负责人，把握课题研究方向，负责课题研究进展，包括课题实验设计、论文构思、论文撰写修改等。在该项目中投入的工作量占本人工作量的70%。2.对本项目所有三个创新点均作出主要贡献；在十篇代表论文中，有6篇为通讯或共同通讯作者（代表性论文1,2,3,7,9,10）） | ||
2. 张玉婵（副教授、中山大学、中山大学、在本项目三个创新点的第二第三个创新点作出主要贡献，主要负责miR397的功能和水稻产量性状关系，以及水稻生殖阶段长链非编码RNA挖掘与功能验证。是10篇代表性论文中代表性论文1和2的第一作者，同时参与代表性论文9的部分工作。该项目研究工作中投入的工作量占本人工作量的90%。） | |||
3. 屈良鹄（教授、中山大学、中山大学、1.参与本项目课题设计和数据分析，负责非编码RNA生物信息学部分，在该项目中投入的工作量占本人工作量的50%。2.对本项目所有三个创新点均作出主要贡献；在10篇代表论文中，有5篇为通讯或共同通讯作者（代表性论文4,5,6,8,10）。 | |||
4. 杨建华（教授、中山大学、中山大学、在本项目第一个创新点作出主要贡献，具体负责植物非编码RNA高通量鉴定与功能分析的方法和技术体系，是代表性论文4和5的第一作者，以及代表性论文6的共同通讯作者，同时参与代表性论文8的部分工作。该项目研究工作中投入的工作量占本人工作量的50%。 | |||
5. 于洋（助理研究员、中山大学、中山大学、参与了miR397的功能和水稻产量性状关系，以及水稻生殖阶段长链非编码RNA挖掘与功能验证。是代表性论文7的共同第一作者，同时参与代表性论文1和2的实验工作。该项目研究工作中投入的工作量占本人工作量的70%。 | |||
6. 李洪清（教授、华南师范大学、华南师范大学、主要参与水稻miR397的功能和水稻产量性状关系研究，是代表性论文1的共同通讯作者。该项目研究工作中投入的工作量占本人工作量的30%。 | |||
7. 王小菁（教授、华南师范大学、华南师范大学、主要参与负责完成拟南芥miR397的功能研究，与第一完成人一起与2006年共同申请国家自然科学基金-广东联合基金重点项目， 是代表性论文7的共同通讯作者。该项目研究工作中投入的工作量占本人工作量的30%。 | |||
项目 简介 | 本项目属生物学科，分子生物学方向核糖核酸组学领域。
基因组测序结果表明，水稻等高等植物基因组中的蛋白质编码基因仅占很小的比例，如水稻中为17%，其它大部分为非编码RNA基因和转录元件等。研究发现，生物的复杂程度与非编码RNA基因所占比例具有正相关性。发掘水稻等植物中的非编码RNA基因，阐明其功能及调控机制，对于全面认识作物复杂农艺性状的形成有重要意义。该项目主要以水稻为研究材料，重点开展产量和生殖发育过程相关小分子非编码RNA（如miRNA）和长链非编码RNA（lncRNA）的筛选鉴定和功能研究，获得以下创新性成果：
1.建立了植物非编码RNA系统挖掘的创新性方法和体系。开发以starBase、DeepBase 等为核心的计算RNA组学方法，这些方法对于水稻等基因组较大的物种尤其适用；同时，我们以水稻愈伤组织为分化模型，建立了用于低丰度miRNA筛选鉴定的Poly A尾锚定实验方法，突破对植物非编码RNA基因系统挖掘、功能分析和转录调控等关键技术。在此基础上，筛选鉴定了一批在水稻胚后发育及对5类传统激素应答的miRNA分子；这些研究为开展植物农艺性状相关非编码RNA功能研究提供重要的方法。受邀撰写了小分子非编码RNA在作物育种中应用新策略的综述文章。（代表性论文3/4/5/8/10）
2.获得第一例正调控水稻产量的miRNA。我们发现一个在未分化胚性组织中特异性高表达的miRNA分子-miR397。通过功能分析结合田间实验，证明了miR397可促进水稻籽粒增大以及穗分支和每穗粒数增加，显著增加水稻产量；揭示了一条新的影响水稻籽粒大小的调控通路：miR397-OsLAC-油菜素内酯,即miR397通过介导靶基因漆酶mRNA的降解，调控植株对油菜素内酯的敏感性，最终影响籽粒大小等产量性状。我们进一步阐明了miR397在不同植物物种中的保守功能，揭示该miRNA在不同作物中广泛的应用价值。（代表性论文1和7）。
3.筛选获得一批在水稻生殖阶段特异表达的lncRNA。我们通过对40个不同水稻组织的转录组分析，发现大量lncRNA 组织专一性的特点，尤其是在雄蕊和雌蕊中特异表达；将所鉴定的差异表达的水稻lncRNA在现有的九个水稻突变体数据库进行分析，发现有着生殖相关表型的比率高于非生殖阶段组别的lncRNA；进一步功能研究证明，其异常表达可引起了水稻开花和育性的变化，揭示了lncRNA在植物生殖发育阶段起着重要调控作用。通过RNA序列和结构分析，我们还发现一大批lncRNA是miRNA直接作用靶点，揭示了植物非编码RNA互作形成的调控网络，对于认识植物复杂农艺性状的形成有重要意义。（代表性论文2和6）。
相关研究结果已在Nature Biotechnology，Genome Biology等重要期刊发表,获专利授权1项。10篇代表性论文SCI总影响因子109.96，单篇最高影响因子41.39; 10篇代表性论文被包括Nature, Cell, Nature Reviews Genetics等系列高影响力杂志他引564次，单篇最高引用次数为229。1篇代表性论文被选为“ESI高被引论文”。培养了一批优秀的年轻科技人才，包括优秀的博士和硕士研究生。 | ||
代表性论文专著目录 | 论文1： < Overexpression of microRNA OsmiR397 improves rice yield by increasing grain size and promoting panicle branching> | ||
论文2： < Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice> | |||
论文3： < A new mechanism in plant engineering:The potential roles of microRNAs in molecular breeding for crop improvement> | |||
论文4： < deepBase: a database for deeply annotating and mining deep sequencing data> | |||
论文5： < starBase: A database for decoding microRNA-mRNA interaction maps from Ago CLIP-Seq and Degradome-Seq data > | |||
论文6： < StarScan: a web server for scanning small RNA targets from degradome sequencing data> | |||
论文7： < MiR397b Regulates Both Lignin Content and Seed number in Arabidopsis via Modulating a Laccase Involved in Lignin Biosynthesis> | |||
论文8： < mirExplorer: detecting microRNAs from genome and next generation sequencing data using the AdaBoost method with transition probability matrix and combined features> | |||
论文9： < Expression analysis of phytohormone-regulated microRNAs in rice, implying their regulation roles in plant hormone signaling> | |||
论文10： < Rice embryogenic calli express a unique set of microRNAs, suggesting regulatory roles of microRNAs in plant post-embryogenic development> | |||
知识产权名称 | 专利1：< miR397在培育抗旱性植物中的应用>（ZL200910037075.6） | ||
推广应用情况 | 无 | ||